由于雞糞的含水量不同，有人工清理的雞糞，有機械清理的雞糞。人工清理的雞糞含水量一般在45％-55﹪左右，機械清理的雞糞含水量一般在70％-80％之間。人工清理的雞糞含水量可以發酵，機械清理的雞糞含水量太高，不能直接發酵。需要先經過脫水機脫水，使水分降到45％-55﹪左右才可以發酵。

雞糞中含有大量的微生物有害病菌，不能直接施用，需百要進行深度高溫發酵。發酵的目的主要是兩個，一是殺滅有害病菌，二是將未充分消化的物質進行有機質化，增加實際有機質的含量。

發酵需要在發酵槽中進行，或發酵罐中發酵。即將雞糞堆積在發酵槽中，同時添加度適量的發酵菌劑，通常發酵的時間為7-12天。雞糞中含有大量的微生物有害病菌，不能直接施用，在發酵雞糞時把雞糞發酵劑菌種混合在發酵槽或發酵罐中，攪拌均勻進行發酵作業。一般春天和秋天5-7天就可以發酵好了，夏天時間短點，5天就可以，冬天時間要長一點，需要12天左右，一般是沒有臭氣，只有淡淡的酒曲香氣和菌香氣。不能有令人不快的氣味，不再吸引蚊蠅。發酵后的糞便顏色呈灰黑褐色或淺灰色，堆肥出現白色或灰白色菌絲。團粒結構疏松，顆粒直徑小于1.3cm，即為發酵好了。

經過深度發酵后的雞糞，進行烘干，粉碎，篩分。篩分后的雞糞即可直接施用，但還只是稱之傳統的農家肥，尚不能稱之為商品有機肥料。
 但如知果要制成商品化的有機肥料，即執行NY525-2002標準。按照這個標準，NPK的總含量必須大于或等于5%，有機質必須大于等于30%，水份小于等于20%，PH值在5.5-8.0。當然還有其他的要求，如道五項重金屬的含量不能超標，蛔蟲卵死亡率和大腸桿回菌值等都需要符合標準。達到這些標準再經過  攪拌，造粒，烘干，分級，包膜，包裝。做成顆粒商品有機肥。